بازی در سال 2012 آغاز می شود,جایی که ملیس دسموند ( Miles Desmond ) شخصیت بازی در زمان حال توسط تشکیلات مخفی Abstrego Industries دزدیده شده و به مکانی نا معلوم
برده می شود تا مورد آزمایش Animus قرار بگیرد. Animus دستگاهی است که امکان دسترسی به خاطرات نیاکان یک فرد از طریق شناسایی
DNA های مخفی سلول های مغز فرد مورد نظر را می دهد. به عبارت ساده تر شما شما با این دستگاه می توانید زندگی اجدادتان و ماجراهایی که برای آن ها اتفاق افتاده است دنبال کنید.Desmond از نوادگان نسل الطیر (Altair) و جزو 17 فردی است که مورد آزمایش این وسیله قرار می گیرند. هدف تشکیلات نیز از دزدیدن این 17 نفر که دسموند نیز جزو آن ها بوده رسیدن به مکان شی ای ارزشمند به نام Piece of Eden برای برقرار کردن صلح در جهان است. Piece of Eden شی ای بلورین شبیه به سیب است که امکان کنترل تفکر دیگر افراد را به فردی که از آن استفاده می کند می دهد. البته کاملا مشخص است که Abstrego چنین نیت خیری ندارد. دسموند نیز که در ابتدا شدیدا مخالف این کار بود سر انجام مجبور می شود سر تعظیم فرود آورد. داستان بازی با سوژه قرار دادن زندگی الطیر از جایی آغاز می شود که ریچارد شیردل توانسته طی نبردی سخت شهر ACRE از دست صلاح الدین پس بگیرد و حالا هدف آن حمله به اورشلیم و تصرف آن است. صلاح الدین نیز که به شدت از شکست نیرو هایش در برابر ریچارد عصبانی شده نیرو های خود را به خرابه های شهر Arsuf منتقل و در آنجا مستقر می کند تا زمانی که نیرو های ریچارد در داه رسیدن به اورشلیم از آنجا عبور می کنند توسط صلاح الدین و یارانش غافلگیر شوند. بالا خره صلاح الدین در این نبرد پیروز می شود. شما زمانی کنترل الطیر را در دست می گیرید که وی در حال تلاش برای کشتن یکی از Templer ها Robert De Sable است اما با یک حرکت ناشیانه موفق به کشتن او نمی شود و از مقام بسیار بالایی که داشت به مقام Uninitiated (پایین ترین درجه) تنزل و تمام توانایی هایش را از دست میدهد. اما فرمانده او "المعلم" با دادن یک ماموریت یک فرصت دیگر به الطیر می دهد و این یعنی آغاز ماجرای ASSASSIN’S CREED.
ماموریت محول شده به الطیر کشتن 9 نفر از مصوبین جنگ های صلیبی (Templer ها)است. هر بار که یکی از آن ها را می کشید الطیر مدتی با آن ها صحبت می کند و آن ها کار هایشان را توجیح می کنند و نهایتا حقایق جدیدی را برای الطیر فاش می کنند. در تمام طول بازی المعلم خود را دشمن سرسخت Templer ها نشان می دهد اما نهایتا وقتی الطیر رابرت را در Arsuf می کشد رابرت به او می گوید که المعلم خود یکی از Templer هاست که حالا به قدرت بلا مانعی رسیده است. پس از کشف این حقیقت الطیر به Masayef بر می گردد اما با یک صحنه عجیب روبرو می شود. آن هم هیپتونیزم تمام شهر توسط المعلم است. نهایتا پس از نبرد با تعداد زیادی اساسین دیگر او به المعلم می رسد و در یک جنگ سخت او را می کشد و Piece of Eden را نیز بر میدارد. همچنین با باز شدن این گوی مکان اختفای دیگر Piece of Eden ها در کره زمین مشخص می شود. و این دروازه ای است برای رسیدن Templer های جدید(Abstrego) به گوی ها!
